Oi Henrique,
para mim é uma questão de gosto. Ambas as IDEs são boas e te atendem bem.
Antigamente o Eclipse foi muito melhor do que o Netbeans e por isso Eclipse ficou muito popular que dura até hoje (eu ainda acho que o editor java do eclipse é melhor do que do netbeans, mas pode ser costume).
Netbeans vem com mais Wizzards prontos e integrações de servidores e outras ferramentas que facilitam a vida, principalmente para quem está começando.
O Eclipse é um pouco mais cru, mas tem milhares de formas de ser customizado. Poderoso, mas de vez em quando parece um pouco bagunçado.
Para acompanhar os cursos aconselho usar Eclipse, depois vá na sua preferencia.
Abs