O popup da instrução alert não foi exibido pois ela está fora da tag Sendo assim, o navegador interpretará o código como html, o exibindo na tela. Basta apenas trocarmos as posições, tirando a tag de fechamento
...
do conteúdo da string assim...<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
