É possível eu usar um array em uma string?

Vitor,

você pode converter a resposta para maiúscula ou minúscula, usando toLowerCase() ou toUpperCase(). Seu código ficaria assim (só acresentei ao final a invocação da function, e corrigi o 'j' por 'g'):

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function escreve(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function interageComUsuario() {

        var perguntaDoRamo = prompt("Você é do ramo? Por favor, responda com S ou N.").toLowerCase();

        if(perguntaDoRamo == "s") {
            var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Por favor, digite seu progresso."));
            while(isNaN(porcentagemUsuario)) {
                var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Digite um número válido."));
            }
            if(porcentagemUsuario >= 0 && porcentagemUsuario <=100) {
                escreve("<h1><u>Você progrediu " + porcentagemUsuario + "%</u></h1>");
            } else {
                pulaLinha();
                pulaLinha();
                escreve("<u><b>Sua porcentagem é inválida.</b></u>")
            }
        }

        if(perguntaDoRamo == "n") {
            pulaLinha();
            pulaLinha();
            escreve("<u><b>Você não faz parte.</b></u>");
        }
    }

    interageComUsuario();

</script>

A resposta, se for maiúscula, será convertida para minúscula. Se já for minúscula, continua como está.

Vitor,

desculpe, dei uma resposta que resolve melhor seu problema, mas não respondi sua dúvida. O código com array poderia ficar assim:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function escreve(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function interageComUsuario() {

        var respostas = ["s", "S", "n", "N"];

        var perguntaDoRamo = prompt("Você é do ramo? Por favor, responda com S ou N.");

        if(perguntaDoRamo == respostas[0] || perguntaDoRamo == respostas[1]) {
            var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Por favor, digite seu progresso."));
            while(isNaN(porcentagemUsuario)) {
                var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Digite um número válido."));
            }
            if(porcentagemUsuario >= 0 && porcentagemUsuario <=100) {
                escreve("<h1><u>Você progrediu " + porcentagemUsuario + "%</u></h1>");
            } else {
                pulaLinha();
                pulaLinha();
                escreve("<u><b>Sua porcentagem é inválida.</b></u>")
            }
        }

        if(perguntaDoRamo == respostas[2] || perguntaDoRamo == respostas[3]) {
            pulaLinha();
            pulaLinha();
            escreve("<u><b>Você não faz parte.</b></u>");
        }
    }

    interageComUsuario();

</script>

Uma outra alternativa, seria manter seu código original, mas aceitando as quatro respostas em 'ifs' 'ou lógico' sem o array:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function escreve(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function interageComUsuario() {

        var perguntaDoRamo = prompt("Você é do ramo? Por favor, responda com S ou N.");

        if(perguntaDoRamo == "s" || perguntaDoRamo == "S") {
            var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Por favor, digite seu progresso."));
            while(isNaN(porcentagemUsuario)) {
                var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Digite um número válido."));
            }
            if(porcentagemUsuario >= 0 && porcentagemUsuario <=100) {
                escreve("<h1><u>Você progrediu " + porcentagemUsuario + "%</u></h1>");
            } else {
                pulaLinha();
                pulaLinha();
                escreve("<u><b>Sua porcentagem é inválida.</b></u>")
            }
        }

        if(perguntaDoRamo == "n" || perguntaDoRamo == "N") {
            pulaLinha();
            pulaLinha();
            escreve("<u><b>Você não faz parte.</b></u>");
        }
    }

    interageComUsuario();

</script>

Acho a primeira mais 'elegante'.

Vitor,

outra alternativa com array. Está exemplificado com seu código, mas é boa para questões que tenham várias respostas que se enquadrem juntas. Coloquei aqui letras próximas que o usuário pode teclar errado:

<meta charset="UTF-8">

<script>

    function pulaLinha() {
        document.write("<br>");
    }

    function escreve(frase) {
        document.write(frase);
        pulaLinha();
    }

    function interageComUsuario() {

        var respostasSim = ["s", "S", "a", "A", "x", "X", "w", "W", "Q", "q", "e", "E", "d", "D", "z", "Z", "C", "c"];
        var respostasNao = ["n", "N", "b", "B", "m", "M", "g", "G", "h", "H", "j", "J"," "];

        var perguntaDoRamo = prompt("Você é do ramo? Por favor, responda com S ou N.");


        for(var i = 0; i < respostasSim.length; i++) {

            if(perguntaDoRamo == respostasSim[i]) {
                var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Por favor, digite seu progresso."));
                while(isNaN(porcentagemUsuario)) {
                    var porcentagemUsuario = parseInt(prompt("Digite um número válido."));
                }
                if(porcentagemUsuario >= 0 && porcentagemUsuario <=100) {
                    escreve("<h1><u>Você progrediu " + porcentagemUsuario + "%</u></h1>");
                } else {
                    pulaLinha();
                    pulaLinha();
                    escreve("<u><b>Sua porcentagem é inválida.</b></u>")
                }
            }
        }


        for(var i = 0; i < respostasNao.length; i++) {

            if(perguntaDoRamo == respostasNao[i]) {
                pulaLinha();
                pulaLinha();
                escreve("<u><b>Você não faz parte.</b></u>");
            }
        }
    }

    interageComUsuario();

</script>

Muito obrigado :)

De nada! Qualquer dúvida não hesite em postar aqui. Alguém sempre responde. Bons estudos!