Porque quando é chamado o button.onclick tem que por a função verifica sem parênteses? se no console quando tu chama sem parênteses ela só mostra o código e não o resultado.
var segredo = 5;
var input = document.querySelector("input");
function verifica(){
if(input.value == segredo){
alert("Você ACERTOU!!!");
}else{
alert("Você ERROU!!!");
}
}
var button = document.querySelector("button");
button.onclick = verifica;