Fala aí Felipe, blz?
Hoje em dia Spring
é sem sobra de dúvidas a stack mais procurada devido a sua gama de integrações e componentes prontos.
Porém existem muitas aplicações que ainda rodam sobre o Java EE
.
Mas nada impede de você usar JavaEE com Spring. ;)
Em ambas as plataformas, conseguimos atingir o mesmo grau de segurança e integração (com spring pode ser um pouco mais fácil pois ele já tem bastante coisas prontas).
No quesito agilidade, acho o spring mais produtivo devido a sua ferramenta Spring-Boot.
No JavaEE está começando uma iniciativa chamada MicroProfile que visa de uma forma geral facilitar o start de projetos JavaEE com profiles menores e rodando em pacotes auto contidos (UberJar/FatJar), promovendo assim aplicações em arquiteturas de micro serviços.
Eu testei a solução da RedHat o wildfly-swarm, e pelo que vi eles tem uma abordagem bem semelhante à do spring boot. E uma quantidade maior de integrações prontas do que o servidor de aplicação Wildfly.
No meu ponto de vista vale muita a pena conhecer os dois, dessa forma você abrange uma gama maior de oportunidades.
Posso estar enganado mas creio que Elo7 seja feito em spring.
Espero ter ajudado.