O que é o jar e como é utilizado?

• Pelo meu entendimento, o .JAR é a aplicação completa com todas as classes compactadas e compiladas para poder ser executada pela java runtime.

Se o jar é um arquivo que compacta o conteúdo de uma pasta que contém byte code, quais são as regras e sintaxe para executar algo contido nele?

• para poder executar tem que ser aberto o prompt de comando e digitar o seguinte comando: java -jar nomedojar.jar

Qual é a anatomia estrutural de um jar?

Não intendi essa sua pergunta.

O que é o Manifest e como é utilizado? O arquivo manifest são as especificações da aplicação java.

O que são "varargs" e a sintaxe "String..." ? varargs na verdade é uma abreviação de uma passagem de um parâmetro array

Qual é o relacionamento entre os packages e a estrutura de diretórios do sistema operacional e o impacto desse relacionamento na execução do programa?

as Packages são pastas que servem para organizar o sistema, deixar de uma forma mais simples e fácil de realizar a manutenção, ou criar novas funcionalidades no sistema. Na realidade ao criar os pacotes, não tem impacto de relacionamentos, caso seja usado da forma correta de acordo com as regras da linguagem.

**Espero ter ajudado.**

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Obrigado