Oi Alexandre, não é pra quem ja usou o Vagrant não. Acho que talvez a didática deixe um pouco a desejar com o que temos nos cursos mais novos. Bom, mas vamos lá.
Primeiro, o Vagrantfile é o arquivo que o vagrant vai ler para criar sua máquina virtual e configurar o que você descreveu lá de acordo com as regrinhas dele.
Você adiciona essas linhas dentro do Vagrantfile, que precisa ter exatamente esse nome, tá bem, sem extensão mesmo.
O diretório é o de sua preferência. No geral, você cria um diretório para o projeto que vai usar o vagrant e coloca o Vagrantfile dentro dele.
A ideia é ter essa estrutura, a pasta do projeto com o Vagrantfile dentro dela. No Vagrant file você coloca esse código que você descreveu no post. O nome da pasta você pode colocar qualquer um.
- meu-projeto-java
-- Vagrantfile