Quando eu imprimo o código, ele ainda apresenta a sequencia de verificação da lista e não sei como tirar. 
Solucionado
Quando eu imprimo o código, ele ainda apresenta a sequencia de verificação da lista e não sei como tirar.
Fala ai Tais, tudo bem?
Acredito que isso esteja acontecendo por causa do console.log dentro do if na linha 23.
Você está pedindo para imprimir se cada item do seu Array é igual ao destino. Além disso, pelo console.log estar dentro do if, ele está impedindo que aconteça a linha 24 e 25. Por isso o resultado final saiu como falso, mesmo havendo "Rio de Janeiro" na lista.
O if espera um parâmetro boolean, ou seja, verdadeiro ou falso. Só que ao invés de você passar a condição que retornaria verdadeiro ou falso, você está imprimindo ela. Além disso, o console log não retorna nada então sempre vai dar falso.
Para resolver é só arrumar a linha 23 disso:
if(console.log(listaDeDestinos[contador] == destino))
Para:
if(listaDeDestinos[contador] == destino)
Espero ter ajudado, caso tenha alguma dúvida é só responder aqui no fórum.