Oi, Dayane! Tudo bem?

Para que o comando input.value = "" funcione, ele precisará compor o bloco da função verifica(). Dessa maneira, todas as vezes em que ela for chamada, ou seja, quando clicarmos no botão, o valor contido no input desaparecerá, conforme o objetivo desse código.

Abaixo, podemos ver como ficará a estrutura da função verifica() após a mudança:

function verifica () {
  if (input.value == segredo) {
      alert("Você ACERTOU!");
  } else {
      alert("Você ERROU!!!");
  }

  input.value = "";
  input.focus();
}

Note que, além do comando input.value = "", também deslocamos o input.focus(), pois ele também precisa estar dentro da função para alcançarmos o resultado esperado (dar ênfase ao input após o usuário tentar adivinhar o número secreto).

Dayane, espero que tenha compreendido minha explicação. Fico à disposição para te ajudar caso surjam outras dúvidas.

Até mais e ótimos estudos!