Olá Dorimar, tudo bem?
Quando você faz um projeto desde o zero, provavelmente, você usará um padrão de código no qual, apenas funcionará no seu projeto, em outras palavras, você fará um HTML, CSS e código PHP seguindo a sua necessidade, portanto, ele não vai ser compatível com a plataforma do WordPress conforme você mencionou.
Caso você quiser fazer um sistema usando uma plataforma como é o caso do WordPress, você precisará desenvolver desde o zero seguindo os padrões do WordPress, pois existem diversas regras para que tudo funcione como o esperado.
Entretanto, você pode estar se perguntando se vale a pena então aprender HTML, CSS e PHP sendo que você vai ter que fazer no esquema do WordPress. Eu respondo que é de extrema importância aprender todos essas linguagens mencionadas, pois embora você tenha que usar os padrões da plataforma, você vai poder aplicar seus conhecimentos das linguagens citadas para realizar personalizações do seu web site dentro do WordPress.
Abraços.