Luan, bom dia!
Depende do projeto, olha:
120% = 1.2em
Então usar qualquer um dos dois daria o mesmo resultado, apesar disso não é interessante usar o em para definir width de um elemento por exemplo, mas para fontes faz bem mais sentido usar o em do que o %, quando for usar pense, será que isso deve ser afetado de acordo com o tamanho da fonte? quando você se perguntar isso, verá que faz mais sentido e aqui vai uma dica pessoal que eu aprendi, border, margin e padding se forem algo relacionados ao conteúdo como as citações nesse projeto, seria mais interessante usar em do px ou%
Agora indo a segunda pergunta o <small> é uma tag do HTML 4 e está depreciada pois não agrega valor semântico e sim visual à página, sendo assim, logo os navegadores não irão dar suporte a essa tag (um bom motivo pra não usar) e o mesmo efeito pode se conseguir com um font-size.
Embora o elemento <small>, como os elementos <b> e <i>, possa ser interpretado como violando o princípio de separação entre estrutura e apresentação, todos os três são válidos em HTML5. Os autores são encorajados a usar seu melhor julgamento ao determinar se devem usar ou CSS.
Espero ter ajudado e bons estudos!