Gostaria de saber se não poderia simplesmente colocar tempoInicial = $("#tempo-digitacao").text(tempo)?
Além disso não entendi como a mudança das outras variáveis para dentro dos eventos input e focus foi responsável pelo funcionamento dos marcadores.
function atualizaTempoInicial(tempo) {
tempoInicial = tempo;
$("#tempo-digitacao").text(tempo);
}