Sim, PyCharm é uma ferramenta completa capaz de facilitar o trabalho em grandes projetos. O objetivo das IDE's é fornecer ao usuário uma melhor experiência no desenvolvimento de seus projetos, tornando mais ágil, rápido e seguro. O que vai diferenciar uma IDE de outra, é como essa IDE vai fornecer essa facilidade em relação à outra.
Por exemplo o VS Code que você citou, já tem uma grande quantidade de usuários à muito tempo que trabalhavam em sua maioria com as linguagens C, C++ e C# por exemplo. Seria natural que um dos motivos para a escolha de usar ele com Python por exemplo, seria a familiaridade que o programador tem com a ferramenta por conta de já ter usado ela antes, que seria preferível do que instalar uma IDE nova e ter que "aprender" a usar ela.