Oi, Danilo! Tudo bom?
A orientação dos resultados na matriz de confusão não afeta a interpretação ou os cálculos de avaliação do modelo, desde que saibamos o que cada célula representa (Verdadeiro Positivo, Verdadeiro Negativo, Falso Positivo e Falso Negativo). 
O importante, nesse sentido, é manter a consistência na leitura da matriz, conforme explico no exemplo abaixo:
|  |  | 
|---|
| Verdadeiro Positivo | Falso Positivo | 
| Falso Negativo | Verdadeiro Negativo | 
Aqui, devemos interpretar que a primeira linha representa os resultados positivos (Verdadeiro Positivo e Falso Positivo) e a segunda linha representa os resultados negativos (Falso Negativo e Verdadeiro Negativo). Da mesma forma, a primeira coluna representa as previsões positivas (Verdadeiro Positivo e Falso Negativo) e a segunda coluna as previsões negativas (Falso Positivo e Verdadeiro Negativo).
De toda maneira, caso estejamos utilizando alguma biblioteca ou tecnologia que trabalha com a matriz de confusão, é sempre uma boa prática verificar na sua documentação qual é o formato esperado. 
Espero ter ajudado, Dani! Caso surjam novas dúvidas, estarei por aqui.
Um abraço.
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