Solucionado
No exemplo do curso agente tem só uma entrada mais se eu tivesse uma opção de cadastro de login eu teria mais uma entrada ai teria que ser mexido na index.php para deixar entrar somente naquela pagina sem session, até ai tudo mais se eu precisasse fazer aqueles alerts de erro mais no caso em cadastro de usuário como seria feito se eu não iniciei uma sessão?
Olá, Matheus.
Você não teria mais de um ponto de entrada não.
Continuaria sendo um único ponto de entrada, com mais rotas. Só isso.
O foco do curso foi a arquitetura MVC. Para cenários mais complexos onde realmente trabalhamos com autenticação, autorização, etc, nós utilizamos componentes já prontos. Você pode utilizar componentes de rotas, de autenticação, etc, todos separados, ou utilizar um framework que já te entrega isso tudo pronto.
;-)