Solucionado
Em um exemplo onde eu tenho uma collection somente com características de produtos e tenho uma outra collection produtos mas que também tenham características em uma chave. Como eu mantenho a integridade dos dados uma vez que eu posso adicionar características que não estão na collection de características. Isso levando em conta que usarei a collection de características para criar uma sessão de filtros.
Oi Diego, como a dúvida ficou por aqui e ainda ninguém respondeu, vou me arriscar... Não sou nenhum especialista em mongo, mas acho que conheço o suficiente para falar :P.
Você vai precisar fazer isso dentro do código da sua aplicação, o mongo em si não vai te ajudar em nada. Quando for alterar a informação, vc vai ter que programar o código para controlar a outra coleção também.