Olá, Cristiano! Ótima pergunta! As três são bastante usadas, mas têm perfis diferentes. A escolha ideal depende do seu foco e preferência pessoal. Eu só tenho experiencia com Intellij mas conheço bastante pessoas que trabalham com Eclipse. IntelliJ possui inteligência de código excelente, interface moderna. Suporta Spring, Maven, Gradle, entre outros. Muitos recursos prontos pra uso, sem precisar configurar plugins extras. Mas a versão Ultimate é paga. IDE um pouco mais pesada que as outras, dependendo do projeto e da máquina. Se estou viajando tenho problemas no notebook.

Eclipse tem suporte forte a plugins e ferramentas como Java EE, JPA, etc. Gratuita e open-source. Mas tem interface mais antiga e às vezes confusa (pode ser instável com muitos plugins).

NetBeans instala e já vem com tudo pronto: editor, compilador, debugger. Boa opção para iniciantes. Funciona bem, mas está menos popular. Bom pra estudar ou pra quem quer praticidade sem muitos plugins.