<meta charset="UTF-8">
<script>
function pula (){
    document.write("<br>");
}
function mostra(frase){
    document.write(frase);
    pula ();
}
mostra("eu gosto de limão");
mostra("eu já sabia");
</script><meta charset="UTF-8">
<script>
function pula (){
    document.write("<br>");
}
function mostra(frase){
    document.write(frase);
    pula ();
}
mostra("eu gosto de limão");
mostra("eu já sabia");
</script>Qual a dúvida?
o meu progama não pula linha depois do mostra
Acabei de testar o seu código e as frases eu gosto de limão e eu já sabia estão sendo escritas uma abaixo da outra, corretamente como deveria.
Note que a função pula adiciona um elemento <br> no documento, isso significa uma quebra de linha. Ou seja, vá para a linha de baixo. Caso queira um espaço de uma linha, pode utilizar mais um <br> na função pula().