Fala Tiago, tudo bem? Cara, não sei se entendi muito bem a sua pergunta, mas vou tentar ajudar. Quando você utiliza a propriedade "display: flex" em um elemento, mesmo sem utilizar a propriedade "flex-direction" ele automaticamente assume a flex-direction como row, ou seja, antes os elementos que tinham a propriedade block e ocupavam uma linha cada um, agora estarão todos na mesma linha. Por isso, quando vc utiliza essa propriedade nos itens de um menu eles ficam na mesma linha. Dá uma olhada nesse link abaixo pois explica melhor essa questão do display:
https://cursos.alura.com.br/forum/topico-deferenca-entre-inline-block-inline-block-65621?gclid=CjwKCAiAnO2MBhApEiwA8q0HYfvSZd5gp0m1BLZrUmfSXnGcRs7JHRGMkcEaudX4lk0xHwOnAJeLoxoCc8YQAvD_BwE
Esperto ter ajudado e bons estudos!
Abs,