Oi Carlos,
Nao tem uma rega "universal" quanto a essa separacao de pacotes, sendo que cada projeto pode ter uma estrutura diferente nesse ponto.
Geralmente eu vejo os VOs ficarem em um subpacote vo, que pode ser filho do pacote da camada de persistencia, ou filho do pacote de classes de dominio, como as entidades.
Exemplos:
br.com.empresa.projeto
.controller
.service
.repository
.model
.vo
br.com.empresa.projeto
.controller
.service
.repository
.vo
.model
Vai ter projetos tambem que organizam os pacotes por features ao inves de organizar por layers:
br.com.empresa.projeto
.cliente
ClientesController
ClientesRepository
Cliente
CadastroDeClienteService
.produto
ProdutosController
ProdutosRepository
Produto
ProdutoPorCategoriaVO
.fornecedor
FornecedoresController
FornecedoresRepository
Fornecedor
Bons estudos!