Solucionado
A forma como foi adicionada as funcionalidades dos botões, direto no HTML e enchendo as tags com funções do JS, não é considerada uma má pratica, por contaminar e dificultar a leitura do mesmo? Se for considerada, teria alguma outra forma para "ativar" essas funcionalidades?
Oi Luiz!
A princípio lotar a tag com classes realmente pode parecer confuso, mas conforme o uso você acaba memorizando o que cada classe do Bootstrap faz. Então apesar de ser difícil no começo, uma vez que você aprende a usá-lo, a tendência é que sua produtividade aumente por não ter que escrever todo código JS pra implementar um collapse de um panel como visto na aula, sendo necessário apenas adicionar classes CSS.
Ao criar um projeto pessoal, o HTML pode ficar mais "limpo" pois você consegue definir funções que manipulam uma classe CSS específica. Mas o Bootstrap é um framework genérico, ou seja, ele tem que executar a mesma função pro seu projeto e pra diversos outros. Você perde um pouco da legibilidade colocando diversas classes Bootstrap, mas você ganha muito tempo não tendo que escrever as estilizações e principalmente funcionalidades.
Espero ter ajudado! Qualquer outra dúvida pode postar aqui! :)