Amaral, tudo bem?
Ele vai olhar todas as colunas, por isso é um comando considerado lento principalmente quando utilizamos dados muito complexos e um número muito grande colunas.
https://www.rdocumentation.org/packages/base/versions/3.6.2/topics/unique
> elementos <- matrix(c(1,1,1,1,2,3,6,2,3,4,7,3,4,5,8,4),ncol=4,nrow=4)
> elementos
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 2 3 4
[2,] 1 3 4 5
[3,] 1 6 7 8
[4,] 1 2 3 4
> unique(elementos)
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 1 2 3 4
[2,] 1 3 4 5
[3,] 1 6 7 8
>
Se isso foi a resposta da sua pergunta, por favor, marcar como solução. Assim ela sai da lista de questões sem solução.