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Dúvida quanto a forma como foi feito o deploy

Fizemos o deploy apenas compactando a pasta webapps, isso aconteceu por estarmos usando o tomcat? Não seria possível gerar o arquivo war a partir do eclipse?

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Olá Julio, tudo bem?

O eclipse faz exatamente isso, compacta sua pasta webapp. E isso é indiferente de estar usando o tomcat ou qualquer outro servlet container.

Mas poderia gerar o .war pelo eclipse sim.

Espero ter ajudado, e bons estudos.