alert('Boas vindas ao Nosso site');
let Nome = 'Lua';
let Idade = 25;
let numeroDeVendas = 50;
let saldoDisponivel = 1000;

alert('Erro!Preencha todos os campos');

let mensagemDeErro = 'Erro Preencha todos os campos!';
alert(mensagemDeErro);

Nome = prompt('Qual é o seu nome') ;
idade= parseInt(prompt('Qual é a sua idade '));

if (idade >= 18) {
    alert('Pode tirar sua habilitação!');
}

Então, amigo. Vou te ajudar com uma possível solução:

alert('Boas vindas ao Nosso site');
let nome = 'Lua';
let idade = 25;
let numeroDeVendas = 50;
let saldoDisponivel = 1000;

alert('Erro!Preencha todos os campos');

let mensagemDeErro = 'Erro Preencha todos os campos!';
alert(mensagemDeErro);

nome = prompt('Qual é o seu nome') ;
idade= parseInt(prompt('Qual é a sua idade '));

if (idade >= 18) {
    alert('Pode tirar sua habilitação!');
}

Eu percebi que suas variáveis (algumas) estavam iniciando com letra maiúscula, eu recomendo utilizar com letras minúsculas (conhecida por camelCase). Obviamente, isso é apenas uma dica mesmo, isso vai melhorar muito a organização do código em sua mente.

Uma recomendação de código para visualizar os valores de cada prompt:

alert('Boas vindas ao Nosso site');
let nome = 'Lua';
let idade = 25;
let numeroDeVendas = 50;
let saldoDisponivel = 1000;

/* alert('Erro!Preencha todos os campos');

let mensagemDeErro = 'Erro Preencha todos os campos!';
alert(mensagemDeErro); */

nome = prompt('Qual é o seu nome') ;
idade= parseInt(prompt('Qual é a sua idade '));

if (idade >= 18) {
    alert(`${nome} com ${idade} anos pode tirar habilitação`);
}

oque significa parseInt