Olá!
Sua dúvida é muito relevante e é uma questão que muitas pessoas têm quando começam a trabalhar com o Kafka.
O Kafka é projetado para funcionar em um ambiente distribuído, o que significa que ele pode ter vários brokers rodando em diferentes portas. Quando você configura o bootstrap server, você está essencialmente dizendo à sua aplicação onde encontrar pelo menos um dos brokers do Kafka.
A porta 9092 é a porta padrão para o broker do Kafka, mas se você tiver mais de um broker, eles precisarão estar em portas diferentes, como você mencionou na sua pergunta.
Agora, a razão pela qual tudo ainda funciona mesmo que você não tenha especificado a porta 9093 para o segundo broker é por causa de um recurso do Kafka chamado "descoberta de broker". Quando sua aplicação se conecta ao broker que você especificou no bootstrap server, esse broker informará à sua aplicação sobre todos os outros brokers que fazem parte do cluster. Isso inclui o broker na porta 9093.
Portanto, mesmo que você não tenha especificado explicitamente a porta 9093 na configuração do bootstrap server, sua aplicação ainda pode se comunicar com o broker naquela porta porque foi informada sobre ele pelo broker do bootstrap server.
Espero ter ajudado e bons estudos!