Olá, Alfredo! Tudo bom? Espero que sim!
O upload necessita ser feito todas as vezes que o Google Colab for fechado e aberto novamente. O ambiente é uma máquina virtual, então mantém os arquivos somente durante o período da sessão.
No Alura+ Trabalhando com arquivos no Colab nós trabalhamos com upload de arquivos no Google Drive, que pode ajudar a manter os arquivos sem fazer o upload novamente.
Se ainda tiver alguma dúvida, estou por aqui. Ótimos estudos e grande abraço!
E quando faço o upload e mesmo assim aparece esta mensagem? Onde posso estar errando?
Provavelmente apenas no local do arquivo. Você pode enviar imagens de como está o diretório do Colab?