dúvida persistence.xml

Sim, pode ter vários persistence-unit dentro do persistence.xml. Mas nesse caso você precisa indicar qual deles você quer injetar no EntityManagerFactory quando chamar o método createEntityManagerFactory() que receberá o nome de unidade de persistência., ex.: EntityManagerFactory emf = Persistence.createEntityManagerFactory("nome-da-unidade-de-persistência");

A indicação de mais de um persistence-unit seria por exemplo para bancos diferentes. Lembra que é na persistence-unit que definimos as configurações necessárias para acessar banco , indicação de qual o driver utilizado para comunicação, dialeto e etc. Cada banco tem suas configurações especificas.