Fala José, tudo bem ?
Então, pra gerar o Javadoc em si precisamos usar a aplicação de geração fornecida no JDK da oracle, ou por exemplo alguma outra como a da Open JDK. Quando pedimos a geração pelo eclipse o wizard apresenta no campo Javadoc command
justamente para que passemos a aplicação que ele vai utilizar (chamar os comandos) para fazer a geração.
No meu caso, por exemplo, o Java command
tem que apontar para o local da aplicação que gera o javadoc, dentro da pasta de binários do java -> /usr/lib/jvm/java-8-oracle/bin/javadoc. Quando você clica à direita do campo o eclipse justamente pede para que você indique onde se encontra a aplicação na sua máquina.
Espero ter ajudado. Abraço!