Dúvida para excluir linhas antigas na consulta MYSQL

Oii Renan, como você está?

Peço desculpas pela demora em obter um retorno.

Uma forma de obter o resultado é utilizar na instrução SELECT o valor máximo da data e fazer um agrupamento por cliente seguido de um HAVING da data máxima (mais recente), fazendo dessa forma que retorne a mais recente para cada cliente.

Algo como:

 SELECT CNPJ, MAX(data) as data
      FROM tabela
      GROUP by CNPJ
      HAVING MAX(data)

Vale ressaltar que esta é uma solução geral, pois como desconheço a estrutura do banco, tabelas e como os dados estão dispostos, pode ser que você tenha divergências ao implementá-la, mas é um bom ponto de partida.

Abraços e bons estudos!