Olá, Jardel! Tudo bem com você?
Respondendo as dúvidas levantadas por você:
1) É necessário normalizar a variável de resposta “y” quando utilizar o algoritimo knn?
Não. Quando você está utilizando o KNN para resolver problema de classificação, as classes que estarão sendo trabalhadas são categóricas, como por exemplo "sim" e "não", "cachorro" e "gato", 0 ou 1, ou alguma outra categoria e não deve-se padronizar dados categóricos.
2) Normalizar todos os dados " x" de entrada pode gerar algum problema? Em um conjunto de dados que existem diferentes escalas, eu preciso escolher quais variáveis devem ser normalizadas , ou posso normalizar todas , sem problemas?
Não tem problema em normalizar todo o conjunto de dados “X”. Mas um detalhe que deve ser observado ao fazer a normalização é se no seu conjunto de dados "X" há colunas com dados categóricos, caso tenha você deve deixar essas colunas de fora da normalização. Caso o seu conjunto de dados "X" contenha esteja representado apenas dados numéricos, não há problema em realizar a normalização no conjunto inteiro.
Qualquer dúvida estou à disposição.
Bons estudos.