Olá Francis, tudo bem com você?
Isso tudo você vai aprender com mais detalhes mais pra frente nos cursos de JDBC, JPA e Spring Data da Formação Spring Framework. Mas resumindo, isso tudo vai ficar sob responsabilidade do JPA, uma especificação (conjunto de classes e interfaces) que abstrai todo esse código SQL que lida com a manipulação do banco de dados e, através de uma implementação (como o Hibernate), é feito todo o mapeamento das nossas classes Java para as tabelas no banco. Então classes se tornam tabelas, atributos se tornam campos/colunas e objetos que cadastrarmos no banco através do JPA se tornam os registros/linhas dessas tabelas. Claro, estou simplificando bastante, mas é basicamente isso que acontece! :)
Se ainda tiver alguma dúvida é só avisar!
Abraços e bons estudos!!