Olá Henrique tudo bem?
Então as imagens estão identando juntamente com o texto porque estamos aplicando a propriedade text-ident: -999px no li como um todo, recomendo mudar para aplicar a propriedade apenas no link como no exemplo abaixo,
HTML
      <ul class="icones">
                    <li><a href="https://github.com/" class="github">Github</a></li>
                    <li><a href="https://twitter.com/" class="twitter">Twitter</a></li>
                    <li><a href="https://br.linkedin.com"class="linkedin">Linkedin</a></li>
                </ul>
CSS
.icones li{
    display: inline-block;
}
.icones a{
    display: inline-block;
    width: 40px;
    height: 40px;
    text-indent: -9999px;
}
.github{
     background-image: url(github.png);
}
.twitter{
     background-image: url(twitter.png);
}
.linkedin{
      background-image: url(twitter.png);
}
Espero ter ajudado, bons estudos,
Atenciosamente,