Ralei para entender trecho f1.setEntrada(new Data(1,7,2009)); Como proceder com o código para chegar à solução apresentada?
O mais próximo que cheguei foi o seguinte:
minha Classe Data:
class Data{
    private int dia;
    private int mes;
    private int ano;
    public void setData(int dia, int mes, int ano){
        this.dia = dia;
        this.mes = mes;
        this.ano = ano;
    }
    (...)
minha Classe Funcionario
class Funcionario{
    private String nome;
    private String departamento;
    private double salario;
    private String rg;
    private Data entrada = new Data();
    public void setDataEntrada(int dia, int mes, int ano){
        this.entrada.setData(dia, mes, ano);
    }
    (...)
minha Classe TestaFuncionario
class TestaFuncionario{
    public static void main(String[] args){
        Funcionario f1 = new Funcionario();
        f1.setNome("Samuel");
        f1.setDepartamento("Tecnologia");
        f1.setSalario(3000);
        f1.setRg("32106");
        f1.setDataEntrada(1,7,2009);
        f1.mostra();
    }
}