Olá Bruno! Você tem que modificar a forma de formatação. Abra seu eclipse vá em Preferencias > Java > Code Style > Formatter. Verifique qual a forma de formatação está configurada. No meu caso está Eclipse [built-in]. Então aperte em New, digite um nome para sua formatação e selecione uma configuração que você deseja reaproveitar, coloque a que você verificou antes, no meu caso Eclipse [built-in], e aperte OK. Agora com sua formatação selecionada, aperte em Edit. Vá na aba Blank Lines e no ultimo item que estiver escrito "Number of Empty Lines to preserve:", ponha 0. Aperte Apply e depois Apply novamente. Então tente formatar e verá que as linhas após o código sumirão.
A minha versão do Eclipse está em inglês, por isso os botões e os campos são em inglês. Mas se a sua estiver em português é da mesma forma, basta traduzir.
Espero ter ajudado! Bons Estudos!