Creio que nao esteja criando a pasta src, tente utilizar o template correto na hora de criar o projeto ou vc pode simplesmente criar na mão a hierarquia de pasta
Criar pasta de diretório na mão o ide eclipse não vai se entender corretamente, seria melhor reconfigurar no java build path na propriedade do projeto e verificar se existe o src, senão comece do zero recriando o mesmo projeto e verifique novamente se o src foi criado.
Grato, Jackson