Puxa, a resposta está no enunciado =D O código HTML está trocado com JavaScript aqui no código do Fugêncio.
<meta charset="UTF-8">
<h1>Primeiro programa</h1>
<script>
alert("Este é um popup feito com JavaScript");
</script>
Agora, quanto à ordem de execução... por que o JavaScript é sempre executado antes do HTML, independentemente da posição relativa dos dois? Digo, não importa se coloco antes ou depois, por que sempre aparece primeiro a pop-up e, depois de confirmá-la, é exibido o texto na página HTML?