Bom eu nunca vi coisa igual. console.log dentro do for não está funcionando. Além disso ele não atualiza o a variável 'qt'. Ele está retornando 0.
<!doctype html>
<html lang="en">
<head>
<meta charset="utf-8">
</head>
<body>
<script type="text/javascript">
var sequence = [1, 3, 2, 1];
var res;
var qt=0;
for(var i=0;i<sequence.lenght-1;i++){
console.log(sequence[0]);
if(sequence[i]>sequence[i+1]){qt++;}
}
console.log(qt);
</script>
</body>
</html>