Bom dia Flávio,
Não ficou muito claro o motivo pelo qual "misturar" o jquery com Js.
Mesmo sabendo que o jquery é uma biblioteca derivada do JS, imaginava que se usassem "isoladas", exemplo: Se tiver um projeto com angular, vou usar apenas o angular, se tiver com jquery, apenas a biblioteca jquery, e assim por diante.
Utilizar desta forma não poderia ocasionar confusão no código?
Cordialmente, Igor Federizi