Olá Giullia, tudo bem ? =D

Então, eu não sei se entendi totalmente a sua dúvida, mas se o código estiver assim:

    var segredo = Math.round(Math.random() * 10);

    var input = document.querySelector("input");
    input.focus();

    function verifica() {


        if(input.value == segredo) {

        alert("Você ACERTOU!");
        } else {

        alert("Você ERROU!!!!!!!!");
        }
        input.value = "";
        input.focus();

    }

    var button = document.querySelector("button");

    button.onclick = verifica;

Não teremos problemas pois só fazemos o input.value == "" após fazer a verificação, agora realmente se tivermos:

  function verifica() {
        input.value = "";
        if(input.value == segredo) {

Ai sim teríamos esse problema que você comentou, pois antes de verificar o valor estaríamos zerando

Mas fora isso o input.value pega o que está dentro do campo naquele momento

Mas caso não tenha sido esse o problema, você pode dar um exemplo :)

Abraços e Bons Estudos!