Dúvida i no lugar do contador

Oi Gisel, tudo bem?

Creio que não compreendi muito bem a sua dúvida, porém vamos tentar entender o que está acontecendo nesse código!

A variável que está dentro do laço de repetição sendo acrescida em 1 sempre quando o laço repetir, é a variável i, já que você declarou dentro do for. Essa variável i é apenas um nome, você poderia utilizá-la como contador sem problemas algum, veja abaixo:

for (let contador = 0 ; contador<3 ; contador++) { 
    if (listaDeDestinos[contador] == destino) { 
        destinoExiste = true; 
        break; 
    } 
}

Agora veja que não existe uma variável i, e sim contador! Nós declaramos-a dentro do for já, com o uso do let, por isso não precisamos declará-la fora desse laço de repetição! Acredito que essa tenha sido sua dúvida, você não precisa declarar o i primeiro se ele já está sendo declarado dentro do for, mas sem problemas se você fizer isso, então, seu código ficaria assim:

let i = 0;
for (i = 0 ; i<3 ; i++) {  // não declaramos com let aqui novamente, apenas atribuímos seu valor
    if (listaDeDestinos[i] == destino) { 
        destinoExiste = true; 
        break; 
    } 
}

Espero ter ajudado, bons estudos =)