Olá Djalma, tudo bem? Ao atualizar a versão do Spring, é importante verificar se todas as dependências utilizadas em seu projeto são compatíveis com a nova versão do Spring. No caso específico do Flyway, é necessário utilizar uma versão compatível com o Spring que está sendo utilizado.
Pelo que consta nessa thread:
https://github.com/spring-projects/spring-boot/issues/33391
Você pode utilizar o Sprint Boot 3 com o Flyway 7.15 desabilitando o auto-configuration
Eu tentarializa utilizar a versão mais recente: https://documentation.red-gate.com/fd/api-java-184127629.html?_ga=2.93907871.346709319.1676560032-1794607236.1676560032
<dependencies>
<dependency>
<groupId>org.flywaydb</groupId>
<artifactId>flyway-core</artifactId>
<version>9.14.1</version>
</dependency>
</dependencies>