Olá Cleyton, tudo bem?
Realmente, o ponto em expressões regulares representa qualquer caractere. No entanto, quando estamos utilizando a expressão regular para capturar uma URL, é importante que o ponto seja interpretado literalmente, como um ponto mesmo. Por isso, na expressão regular que você mencionou, o ponto após os colchetes é precedido por uma barra invertida, o que faz com que ele seja interpretado literalmente.
Sendo assim, a expressão regular \[([^\]]*)\]\((https?:\/\/[^$#\s].[^\s]*)\)
está correta e irá capturar corretamente URLs que possuem pontos em seu domínio.
Espero ter ajudado. Caso tenha mais dúvidas ou problemas, relacionados a este tópico, estarei à disposição para ajudá-lo.
Abraços e bons estudos!
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