Oi Wander, tudo bom?
Neste TestaEmpresa você está criando apenas a empresa. O atributo empregados precisa ser instanciado também:
public class Empresa {
    private Funcionario[] empregados = new Funcionario[10];
// resto da classe
 Além disso, precisamos instanciar todas as posições do array. Para isso, vamos precisar de um método que adicione funcionários em uma posição vazia:
public class Empresa{
// outros métodos e atributos
    public void adicionaFuncionario(Funcionario funcionario){
    for(int i = 0; i < empregados.length; i++){
        if(empregados[i] == null){
            this.empregados[i] = funcionario;
            return;
        }
    }
}
Agora sim, podemos criar nosso funcionario, adicioná-lo no nosso array e acessar pelo getFuncionario():
public static void main (String[] args) {
                Empresa empresa = new Empresa();
        Funcionario funcionario1= new Funcionario();
        Funcionario funcionario2= new Funcionario();
        //declaração de todos os funcionários...
        empresa.adicionaFuncionario(funcionario10);
        //após adicionar todos os funcionários, podemos pegar com o         método `getFuncionario`
                empresa.getFuncionario(10);