Bom dia, Marcos! Tudo bem?
O erro acontece porque você passou o id do paciente como id e não como _id, e como o MongoDB reserva a propriedade _id como identificador único dos documentos, no caso para pacientes.
Alterá-la para id faz com que o MongoDB não reconheça mais o campo como identificador, causando problemas ao acessar ou relacionar documentos. Para evitar erros, é ideal manter _id como padrão de identificador.
Então recomendo que use uma estrutura JSON como essa: 
{
    "nome": "Josue Freitas",
    "crm": "174126",
    "especialidade": "ORTOPEDIA",
    "idade": 37,
    "pacientes": {
        "_id": "id do paciente",
        "nome": "Nome do paciente",
        "cpf": cpf do paciente
    }
}
Espero ter ajudado e bons estudos!
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