Oi, Jovaine! Tudo bom?
Utilizar o padding para criar espaçamento vertical entre os elementos é uma opção válida e não há nenhum problema em utilizá-lo. O padding é uma propriedade muito útil para adicionar espaçamento interno aos elementos!
No entanto, a utilização da Flexbox com a propriedade gap também é uma alternativa bacana, especialmente quando precisamos posicionar os elementos em colunas ou linhas e desejamos um espaçamento uniforme entre eles. 
Nesse sentido, ambas as abordagens são válidas, então você pode escolher a que melhor se adequa às suas necessidades!
Espero ter ajudado, Jovaine! Qualquer dúvida, conte com o fórum.
Um abraço.
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