Solucionado
Quando eu coloquei o .value já definido lá na variável (linha 5) pra facilitar e eu não precisar colocar quando chamo essa variavel (linhas 7 e 9) o meu pedido pra limpar (linha 9) não funciona.
mas quando eu coloco sem o .value na definição da variável e só coloco quando a variável, ele funciona. Eu queria entender porque isso acontece?
No primeiro exemplo ele guarda somente o valor atual do campo numa variável. Quando vc altera o nomesEscolhidos, ele só vai alterar o texto contido nessa variável.
No segundo exemplo ele está guardando em nomesEscolhidos a referência inteira do input nome-amigo. Dessa forma quando vc altera o value nele, vc está alterando diretamente o value que está no input. Existem diversas outras coisas que pode alterar ou fazer com o input ao ter a referência dele guardada assim.
Muito Obrigado, Francielle, consegui entender a lógica :)