Oi, Luciano, tudo bem?
Respondendo à sua pergunta, o GitHub Desktop não é o mesmo que o Git. O GitHub Desktop é uma interface gráfica que facilita o uso do Git, enquanto o Git é uma ferramenta de controle de versão de código.
Para utilizar o Git corretamente, você precisa ter o Git instalado no seu computador. Se você já tem o GitHub Desktop instalado, é possível que o Git já esteja instalado com ele. No entanto, para garantir que você tenha a versão mais atualizada do Git, é recomendado fazer o download e instalação separadamente.
Quanto à pasta do projeto Alura, se você já enviou a pasta vinculada ao GitHub Desktop para o Vercel.com, não é necessário manter a pasta do projeto Alura. Você pode excluir essa pasta para evitar conflitos e manter apenas a pasta gerenciada pelo GitHub Desktop.
Espero ter ajudado. Caso tenha dúvidas, conte com o fórum.
Abraços!
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