Percebi que a trajetória da bala não passa pelo cursor devido a diferença de altura do impacto no chão com a altura da trajetória da bala. Acabei resolvendo criando um plano na hierarchy do Unity e deixando invisível e na altura da bala, de modo que o impacto com o cursor ocorre neste plano invisível. Isso resolveu as balas atingem sempre no cursor.
Pesquisando nos tópicos vi a seguinte solução.
A minha dúvida é se existe uma diferença, do ponto de vista de desempenho, bugs, problemas... entre as duas formas de ajustar o cursor com a bala?