Boa noite!!!!
As duas condições if estão dentro do mesmo bloco do while em sequencia e dentro de chaves desnecessariamente, quando vc acertou o número pediu para exibir um alert porém não foi encerrada a instrução, então o bloco continua a execução e vai para o segundo if que determina que o chute não é maior que o numero secreto e exibe o alert de maior.
Segue uma correção para comparação:
alert('oiiii, bem vindo');
let numeroSecreto = 5;
console.log(numeroSecreto)
let chute
while(chute != numeroSecreto){
chute = prompt('Escolha um número entre 1 e 10');
if(chute == numeroSecreto) {
alert(`Isso ai, você descobriu o Número secreto`);
break;
} else {
alert('Ta errado hein!');
}
if(chute > numeroSecreto){
alert(`o número secreto é menor que ${chute}`)
} else{
alert(`o número secreto é maior que ${chute}`)
}
}