Solucionado
Na conversão para varchar abaixo foi colococado o número 120, o que ele faz? Caso eu não o coloque obtenho o mesmo resultado.
SELECT NF.CPF, SUBSTRING(CONVERT(VARCHAR, NF.[DATA], 120),1,7) AS ANO_MES, INF.QUANTIDADE FROM [NOTAS FISCAIS] NF INNER JOIN [ITENS NOTAS FISCAIS] INF ON NF.NUMERO = INF.NUMERO
Esse (120) é a formatação dada ao valor conforme o padrão "yyyy-mm-dd hh:mm:ss", ODBC canônico - relógio de 24 horas. Uma outra alternativa seria usar sob o padrão ANSI, o 102 ("yy.mm.dd") ou o 110 ("mm-dd-yy"), padrão dos EUA).
Espero ter ajudado. Um abraço!